Самый простой и надежный вариант - приседания: темп медленный, ноги на ширине плеч, ступни слегка развернуты внутрь, пятки не отрываем. Постопенно можно добавлять нагрузку (брусок под пятки, большее количество приседаний или гантели в руках). Велосипед, как способ именно "лечения", не подходит - только как способ поддержания тонуса. При условии грамотного педалирования И да, стоило бы провериться насчет причин болей. Бег по твердому покрытию - наиболее простой спобоб добить колени окончательно.